马克思主义学院成立于2015年7月,是在原人文社会科学学院与思想政治理论课教研部的基础上组建的。学院现有6个教研室;学院现有马克思主义理论一级学科硕士授权点,下设“马克思主义基本原理”、“马克思主义中国化研究”、“思想政治教育”、"中国近现代史基本问题研究"四个学科方向。

学院入选安徽省重点马克思主义学院,是首批“安徽省中国特色社会主义理论体系研究基地”,是安徽省马克思主义学会秘书长单位及法人代表挂靠单位,拥有安徽省高校人文社科重点研究基地安徽医科大学医学人文研究中心”和“马克思主义哲学研究所”等5个研究所,《安徽日报·思想周刊》与安徽医科大学共建基地。